Havsalgerna brukar indelas efter sin färger: grönalger, brunalger och rödalger.
Man kan också dela in havsalgerna efter deras storlek. Makroalger är stora: tång-, brun- och grönalger. Mikroalger är mycket små; till exempel plankton, mikroskopiskt små encelliga växter som svävar i vattnet. Om de blir tillräckligt många säger man att de ”blommar”. Så kallade planktonblomning är bara höga halter av mikroalger. Till mikroalgerna hör bland annat Spirulinan, som är mycket proteinrik. Brunalger och rödalger är viktiga, eftersom de finns i så stor mängd i havet. De som kallas ”giftalger” är egentligen inga alger alls, utan liknar mer bakterier.